La storia è incentrata sui gemelli e sui rispettivi poteri magici che agiscono all'unisono, con i quali combattere le armate malvagie della luna rossa.
Il mondo, una volta in pace, era protetto dai cristalli della luce, ma ora è in pericolo. I cristalli sono stati inghiottiti dalle viscere della terra, alterando il fragile equilibrio del mondo.
Ambientato sette anni prima degli eventi di Final Fantasy VII. La compagnia Shinra sta rapidamente aumentando la propria influenza in direzione di un monopolio dell'energia mako e di una maggiore potenza militare.