Ambientato sette anni prima degli eventi di Final Fantasy VII. La compagnia Shinra sta rapidamente aumentando la propria influenza in direzione di un monopolio dell'energia mako e di una maggiore potenza militare.
Il mondo, una volta in pace, era protetto dai cristalli della luce, ma ora è in pericolo. I cristalli sono stati inghiottiti dalle viscere della terra, alterando il fragile equilibrio del mondo.
La storia è incentrata sui gemelli e sui rispettivi poteri magici che agiscono all'unisono, con i quali combattere le armate malvagie della luna rossa.